臻知识 - 外周血中检出的基因突变丰度提示进展期肿瘤患者预后情况

2019-12-30 求臻医学企宣

摘要




进展期/转移性肿瘤患者预后差异较大,所以这些患者的预后判断就显得非常重要,而临床阶段尚缺乏这类患者的预后标志物。目前认为外周血游离DNA(cfDNA)可以很大程度上代表肿瘤异质性的全部基因改变状态。等位基因变异频率(VAF)是指特定位置的突变分子与野生型分子总数的比值。本研究证明VAF可作为肿瘤负荷的替代指标,且最大VAF(MaxVAF)与预后及OS负相关;同样,外周血基因组变异越多,患者预后越差。本研究结果提示检测外周血cfDNA可为临床决策及预后判断提供重要的参考意义。




研究方法




本研究招募了来自MD Anderson癌症中心的298名转移性/局部不可手术的进展期肿瘤患者,这部分患者接受cfDNA基因检测,并积极接受后续治疗,并分析了cfDNA VAF与OS的关系。




研究结果 




298例患者中共有240例(80.5%)检测到cfDNA突变。中位随访时间8.4个月,这部分患者的中位OS为11.5个月,Kaplan Meier曲线显示,298例患者中有116例(38%)死亡,3个月、6个月和12个月的生存率分别为83%、67%和49%。MaxVAF范围在0.1%~77.3%之间,按四分位数分类,Q1最低,Q4最高,不同肿瘤类型中MaxVAF差异显著,中位MaxVAF 以乳腺癌最高,阑尾癌最低(图1),Q1中MaxVAF为0.3%,Q2中MaxVAF为1.3%,Q3中MaxVAF为8.6%,无突变及Q1患者的1年OS率分别为63%、62%,Q4患者的1年OS率仅为20%(图2)。cfDNA突变和非同义突变(NSM)数量在不同类型肿瘤类型间存在显著性差异,本研究共检测到752个NSM,阑尾癌最低,结直肠癌的NSM最高,>1个NSM与更差OS相关(HR=2.3,p<0.0001,图3)。突变数量也会影响预后,>2个基因突变的患者与更差OS相关(HR=2.7,p<0.0001,图3)。单因素分析显示,VAF水平越高,OS越差(Q3 VAF HR 2.3,p=0.0069:Q4 VAF HR=3.8,p<0.0001)。多因素分析中, VAF Q4、男性、白蛋白<3.5g/dL、非内脏转移部位>0和既往治疗线数>4是OS更差的独立预测因素(表1)。




表1 多元分析显示的预后因素


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图1 不同肿瘤的最大VAF


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图2 VAF和OS。上图. Kaplan Meier的OS预估曲线;下图. 根据最大VAF,Kaplan Meier的OS预估曲线(VAF采用四分位法,Q4和Q1分别代表最高和最低)


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图3不同基因改变数量下的OS。上图. ≤2个和>2个cfDNA改变患者的OS;下图. 不同NSM数量下的OS




讨论




cfDNA是一种无创伤且可以用于评估肿瘤基因整体改变的方法,对于治疗选择、疗效评估及发现耐药机制起着非常重要的作用。本研究证明,转移性肿瘤患者如果存在高水平的cfDNA VAF、较多的NSM与基因组突变数目,意味着这部分患者的预后较差。大量研究也均显示,cfDNA水平与无复发生存、OS和无病生存期等指标为负相关。有趣的是,PALOMA-3研究中采用氟维司群±哌柏西利治疗,cfDNA中PIK3CA突变的基线水平与无进展生存(PFS)无关,然而与单药氟维司群相比,氟维司群+哌柏西利治疗组患者第15天时检测到的PIK3CA突变下降程度更明显,而且PIK3CA突变在第15天后的相对变化更能很好地预测氟维司群+哌柏西利治疗的PFS。提示cfDNA的动态变化也可以很好地评估治疗反应。




与此同时,这项研究再次证明了既往研究中显示的与更差OS相关的标志物,包括低白蛋白水平、LDH升高及多个转移灶,这些指标仍是评价预后的重要指标。



点评


大量文献表明液体活检在精准医学中的重要作用,本研究证明了cfDNA VAF及基因突变数量与OS间的关系,即Max VAF水平越高、基因突变数量越多,提示患者预后越差。本研究结果对于进展期患者的临床决策和预后判断具有重要的参考价值。




参考文献:


Cell-Free Circulating Tumor DNA Variant Allele Frequency Associates with Survival in Metastatic Cancer. Clin Cancer Res.2019