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2019-04-24 求臻医学企宣

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肿瘤Panel生信分析有哪些常见问题?下面我们跟随樊大师一起来了解下吧~




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在计算TMB的时候临床上gene panel大小多少合适?


由于TMB的概念起源于外显子测序,因此设计的panel与外显子的相关性至关重要。下图呈现了不同基因数目与外显子TMB相关性。

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下表展示了目前已经发表的一些panel的相关信息。


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目前研究表明,gene panel至少覆盖0.8M的区域,所得TMB与外显子分析才具有较好的相关性。




在call 变异过程中突变频率的阈值是多少?


一般的外显子Variant Allele Frequency (VAF) 的cut-offs值设置在5-10%,在目前已公布的FDA批准的两个试剂盒中, FoundationOne CDx and Oncomine assays是5%,MSK-IMPACT是针对热点突变的阈值是2%和非热点突变阈值是5%。




基因panel的测序深度多少为最佳?




依据测序碱基服从二项式分布(如下图)是测序深度250X下突变频率5%下的检测真阳性和假阳性分布。X轴代表点是发现突变的reads数目,Y轴代表的是对应发现事件的可能性。因此如果设置一个突变为至少5条reads,且突变频率下限设置为5%,则测序深度至少为250X,这也是医学上的最低要求。对于测序panel来讲一般是至少是500X。对于肿瘤组织来讲,考虑到肿瘤纯度的问题,最低平均测序深度要求在1000X以上,而对于线粒体DNA上的突变平均测序深度至少5000X。


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测试gene panel的是否合格的标准Limits of Detection(LOD)是多少?


至少测试20个已知样本对于 Minor Allele Fraction(MAF)的发现率要占到总样本数的90-95%。




在生物信息分析方面call indel的最佳长度是多少?


21bp。




遇到Tumor only样本除了考虑人群频率数据库外,还有没有其他办法区分germline 和somatic突变?


可以使用SGZ分析软件https://github.com/jsunfmi/SGZ,该软件已经被FDA公布的FoundationOne CDx官方文档中使用


(https://www.accessdata.fda.gov/cdrh_docs/pdf17/P170019B.pdf)。




过滤人群频率数据库会过滤到一些重要的位点怎么办?


在过滤去掉的位点中回收出现COSMIC里面的突变位点。




参考文献:


[1]Büttner R, Longshore J W, López-Ríos F, et al. Implementing TMB measurement in clinical practice: considerations on assay requirements[J]. ESMO open, 2019, 4(1): e000442.


 


[2]Sun J X, He Y, Sanford E, et al. A computational approach to distinguish somatic vs. germline origin of genomic alterations from deep sequencing of cancer specimens without a matched normal[J]. PLoS computational biology, 2018, 14(2): e1005965.


 


[3]Garofalo A, Sholl L, Reardon B, et al. The impact of tumor profiling approaches and genomic data strategies for cancer precision medicine[J]. Genome medicine, 2016, 8(1): 79.