《亦城时报》新文化副刊•人物志 裴志华:在数十亿个DNA碱基对中大海捞针

2022-04-21 求臻医学企宣
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新文化副刊·人物志 裴志华


作为求臻医学科技(北京)有限公司(简称:求臻医学)医学事务部总监、华中农业大学生物信息学博士,裴志华凭借自身丰富的生物算法研发经验,以二代基因测序技术和生物信息数据挖掘为基础,设计研发出了多款肿瘤领域诊断产品,如肿瘤早筛产品、MRD(微小残留病灶)产品、肿瘤用药基因检测产品等。这些产品可在肿瘤早期筛查、术后复发风险分层、动态监测、精准治疗等多个场景进行应用。


在这些“看得见”的产品背后,是裴志华和其团队数年如一日的坚持。


“我的工作主要是通过编程写出一串串代码,完成数据分析,解读基因里面的奥秘,而后通过这些代码搭建一套用于基因检测的算法。在整个团队的协作配合下,再对这些算法进行临床队列验证,验证通过后将这些算法形成一个个产品。”裴志华说,“当一个医生要做临床判断时,这些肿瘤诊断产品会扮演一个强有力的辅助工具的角色,帮助医生更好地做出临床判断。”他同时表示,基因检测只是辅助医生做出临床决策的一个环节,最终的治疗决策是一个非常复杂的过程。


事实上,在这些肿瘤诊断产品还没有上市之前,裴志华大多时候都是在大海捞针。人类基因组含有约31.6亿个DNA碱基对,裴志华和团队要在这数十亿个DNA碱基对中找到那个与临床问题“相匹配”的算法。


一个人坐在电脑前,看着屏幕上密密麻麻的生物信息分析代码是裴志华的工作常态。或许在外界人眼中,那些代码和程序员编写的程序代码无异,但在裴志华的世界中,这些代码中隐藏着破解某个临床问题的关键信息。


每当看着这些冗长的代码,裴志华都会陷入沉思:“通过这些数据,可以发现一个什么样的问题?这些问题如何通过眼前的代码去解决?”


2016年,在一次日常做基因数据统计时,裴志华发现,肿瘤患者和正常人血液中的DNA片段是不一样的,尤其是在片段大小和末端序列方面有着明显的差异。裴志华回忆说,那个时候,国内还没有生物医学机构能够做出成熟的肿瘤早筛产品。


“当时没有特别可靠的研究可以证明基于液体活检的肿瘤早期筛查的可行性,也没有人能够百分百确信能做出来相对应的产品。做肿瘤早筛产品需要投入上亿元的资金,一般成熟的公司不会做这种特别有风险的产品。”裴志华说。但是他坚信,终有一天,这些产品可以被开发出来,并用于临床,帮助医生更快地做出医疗诊断,也能让患者尽快得到治疗。


看文献、写代码、分析数据、搭建算法、做验证……裴志华和其团队还是像往常一样工作着。不同的是,他们正在将心中的想法一点点变为现实。


经过不断的探索和反复实践,裴志华和其团队于2021年设计研发出了基于NGS(二代测序)的液体活检(10ml外周血)并联合人工智能的泛癌种早筛产品。据裴志华介绍,基于这款产品,只需抽取一管血,检测血液中的基因信号并结合算法就可以推断出检测者是否患有癌症。当时,裴志华与其团队在对体检中心送来的血液样本进行日常筛查时,通过这款肿瘤早筛产品检测,发现了一位受试者各项肿瘤标志物正常,但基因信号异常,存在患有胰腺癌的可能性。后来,这位受试者经过进一步筛查后发现确实患有早期胰腺癌。“未来,我们还将对这个产品进一步升级,不仅可以预测是否患有癌症,还能推断出肿瘤的位置、大小等。”裴志华说。


在加入专注肿瘤精准医学领域的高新技术企业求臻医学之后,裴志华的身份发生了变化,实现了从单独设计研发一个产品算法到负责一个新产品的研发及其产品临床队列研究的转变。在裴志华看来,虽然目前自己的角色发生了转变,所负责的业务也越来越多,但所做的事情其实并没有发生改变,即用先进算法来设计研发产品,解决一个又一个临床问题,为患者和医生带来帮助。

融媒体中心实习记者 何欣